اولین کنکور کارشناسی ارشد دانشگاه علمی کاربردی در اسفند ماه سال ۱۳۹۱ برگزار شد. داشتن مدرک کارشناسی یا اشتغال به تحصیل در سال آخر مقطع کارشناسی و حداقل ۳ سال تجربه و سابقه کار مرتبط با رشته انتخابی از مهم‌ترین شرایط اختصاصی شرکت در یکی از این دوره‌ها بود. پذیرش در این دانشگاه از طریق آزمونی با عنوان آزمون مهندسی فناوری ارشد و کارشناسی ارشد حرفه‌ای صورت گرفت.

اما پذیرش در مقطع ارشد دانشگاه علمی کاربردی فقط از طریق همان آزمون و در سال ۹۲ انجام شد و در سال ۹۳ پذیرش دانشجوی کارشناسی ارشد دانشگاه علمی کاربردی متوقف شد.

 در آبان ماه ۹۵ رئیس دانشگاه علمی کاربردی اعلام کرد برای سال ۹۶ و ۹۷ برنامه داریم که به صورت محدود به برخی از مراکز باکیفیت علمی کاربردی، مجوز پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد داده شود. همچنین در فروردین ماه ۹۶ از راه‌اندازی مجدد مقطع کارشناسی ارشد در دانشگاه علمی کاربردی از سال ۹۶ خبر داده شد. با این حال پذیرش دانشجوی کارشناسی ارشد در این دانشگاه در سال ۹۶ تا این لحظه محقق نشده است و چندی پیش نیز اعلام شد که از سال ۹۸ به بعد، دانشگاه علمی کاربردی در مقطع کارشناسی ارشد رشته تأسیس خواهد کرد که البته کارشناسی ارشد این دانشگاه مهارتی خواهد بود و رشته‌های نظری شامل آن نمی‌شود؛ که البته این امر رخ نداد.